医師は患者の病状とともに、診察の際に行った検査や処置、処方した薬などをカルテに書き込みます。医療事務担当の職員がそのカルテをもとに医療費を計算しています。
患者が支払う一部の負担金はその日のうちに医療機関の窓口で会計を済ませますが、残りは医療機関から保険者に請求する必要があります。診療報酬の請求には診療報酬の請求書と明細書（レセプト）の2つが必要になります。
レセプトには1人一人の患者について、1ヶ月間に行った診療行為の内容と点数が書き込まれており、入院と外来に分けて作成されます。また、患者が手にする領収書には、投薬○×点などしか書いてありませんが、レセプトには普通の商品の取引と同じように、使用した薬剤名など、具体的な診療内容とその料金が記載されています。
医療機関では、診療報酬の請求を1ヶ月ごとに取りまとめ、診療月の翌月10日までに、請求書とレセプトを審査支払機関に提出します。記載内容をチェックしたり、被用者保険、国保、後期高齢者などの保険者ごとに分けたり、請求書を作成したりといった事務作業が月末から月の初めまで続くため、その間の医療機関は非常に多忙です。
医療機関からレセプトを受け取った審査支払機関は、不備や不正が行われていないか審査を行い、不備が見つかったレセプトは医療機関に送り返されるか、減点であれば点数を補正して増減点連絡所を作成し、医療機関に送付します。審査にパスしたレセプトは各保険者に送付されます。
レセプトを受け取った保険者は、さらに、①患者に受給資格があるかどうか、②事故や業務上の病気やケガでないのか、③点数や計算の誤りはないか、④医薬品は適正に使用されているか、⑤過剰の診療は行われていないかなどの点検・確認作業を行った後、審査支払機関に対して診療報酬の支払を行います。