医療費を抑制する一方で、患者の窓口負担も増加しています。それと共に、加入する保険によって異なっていた自己負担割合が統一され、現在の自己負担割合は年齢別になっています。
特に健康保険や共済保険の被保険者（会社員や公務員）は自己負担が急激に上がりました。1970年代には、初診時一部負担600円など定額制だったのが1984年に1割負担となり、1997年に2割、2003年には国民健康保険の加入者と同じ3割へ引き上げられました。
さらに、高額療養費制度の自己負担限度額も徐々に引き上げられているため、総合的に見ても患者の負担は増えています。現在は、6歳（義務教育就学前）未満は2割、6歳以上69歳までは3割負担です。さらに、未成年者の自己負担割合を引き下げる案も浮上しています。
2055年には2.5人に1人が65歳以上、4人に1人が75歳以上の高齢者になる見通しです。国民医療費の44%は70歳以上の高齢者が使っており、所得の高い高齢者の負担増は避けられません。
高齢者の医療費は自己負担がない時代が続きました。1983年からは定額制を導入し、2001年に負担1割になるまで老人医療費の優遇は続き、医療費の増大、各医療保険の財政圧迫につながりました。
70歳以上でも現役並みの所得者は、2002年には2割、2006年10月には3割と負担率が上げられました。2013年からは段階的に、70～74歳の一般所得者の窓口負担を1割から2割に引き上げることになっています。